“瞬连”TOPO载体,效率就是不一样!
市面上有的TOPO克隆载体为什么是氨苄/卡那双抗性,是必须的吗?TOPO克隆载体必须搭配特定的感受态细胞吗?自制的感受态为什么不能用?长片段连接,TOPO载体效率为什么低?
聚合美带您揭开双抗性TOPO载体的秘密! 聚合美“瞬连”第三代TOPO载体,更小的载体,仅1.8kb,容纳更长片段,转化效率更高,可兼容自制感受态,让克隆连接更方便,更简单!
氨苄(Amp)/卡那(Kana)双抗性TOPO载体的开发历史
以前TA克隆市场占有率极高的是Promega的pGEM-T载体和Takara的pMD18-T载体。这些载体采用传统T4连接酶连接,全部是Amp单抗性的。由此可见氨苄单抗筛选方式没有问题,而某公司公司鼓吹双抗是筛选必须的。Topo异构酶工作原理决定TOPO载体并不需要双抗才能用,双抗性只能是在一个很狭窄的范围内有少量需求。15年前第一代商品化topo载体是Invitrogen购买了专利授权后开发的,其中有一个最著名的topo载体pCR 2.1-TOPO,这是双抗性的topo载体。某公司作为国内第一个TOPO载体研发者,最简单的办法是原封不动把载体拿过来,当然也把重大缺陷(回头解释为啥是缺陷)也拷贝过来了。比较Invitrogen和某公司的载体构造,就会明白什么问题。
Invitrogen公司的氨苄、卡那双抗性载体
普通PCR产物克隆载体完全用不到双抗性,为啥Invitrogen设计双抗性TOPO载体呢?可能是Invitrogen的载体系统很多,其中著名的Gateway系统里面有很多载体是Amp抗性和Kana抗性的。为了方便在在各个系统中穿梭通用,也就沿用了双抗性设计。某公司把双抗性设计完全照搬照抄过来了,殊不知还有不良影响。
双抗性设计增加了卡那抗性序列,载体大小至少增加了1kb,造成以下三个缺点:
●载体越小可容纳的插入片段越大,载体越大能容纳的插入片段就越小。某公司TOPO载体有3.9kb,比聚合美1.8kb大了一倍多。大的载体能容纳的片段就要比小载体短一些,也就是说我们的载体能连接更长的片段。
●后续转化感受态细胞,质粒大小和转化效率成“指数级”反比,越小的质粒越容易转化(钻进去)。比如,0.5kb片段,聚合美载体+插入片段大小是2.3kb,某公司是4.4kb, 2.3kb比4.4kb的转化效率大了不是一倍,而是比某公司高几倍。
●卡那抗性转化后需要复苏1个小时;而Amp抗性可以不复苏,立刻涂平板,快很多。
双抗性极少情况下会用到,卡那抗性的唯一优点是不会长卫星菌落:生长超过比如12小时,甚至15小时的时候,也不会长卫星菌落。Amp抗性生长久了(>12小时), 容易长卫星菌落。AMP抗性是全世界使用最广泛的抗性,对比卡那不容易长卫星菌落的唯一优点,卡那抗性的缺点复苏时间比Amp抗性复苏要长1个小时,大家觉得应该选哪种抗性?
总之,双抗性只是一个噱头,卡那单抗性完全足够,莫要再被某公司忽悠了!
为了避免双抗性设计的不良影响,我们设计全新的“瞬连”第三代TOPO载体。
●去掉卡那抗性序列和其他非必须质粒元件,剩复制子和Amp抗性(这两个是质粒生存必须)。全长仅仅1.85kb,是国内最小的TOPO载体。
●连接效果显著:可以不用复苏,比某公司的卡那抗性60分钟大为缩短。载体特别小,能连接的片段更长,而且转化效率是比某公司的10-100倍。
●因为某公司的载体大,转化效率低,只能用特殊配带的感受态细胞才能保证转化效率,而客户自己制备的感受态细胞效率很低,无形中加大了客户的成本。
●聚合美新一代单抗性TOPO载体任何一个指标都超过某公司,市场份额越来越大。聚合美TOPO载体价格只有市面上T公司同类产品一半不到,此外,我们是10ul体系20次,等于某公司的40次(T公司20次是按照5ul体系算)。
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TOPO载体克隆注意事项:
●确保PCR片段和TOPO载体完全匹配:平末端还是粘性末端?
●一定要做胶回收,排除引物二聚体的影响!
●一定要做产物的定量,确定载体和产物的比例!
●越长的片段连接效率越低:按标准转化流程!
●做正对照,确保载体/感受态细胞没有问题!
●感受态细胞的效率很重要:用新制备或者外购的高效感受态!
●注意:我们的载体只能用M13正向引物,和反向引物做菌落PCR/测序,不能用M13(-47),M13(-48)引物做菌落PCR/测序!
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注:TOPO克隆载体和无缝克隆载体有试用装,欢迎同学们向聚合美官方微信(下方小女孩二维码)或聚合美业务员及代理商订购,申请!